منطقه قمشلو كه در غرب اصفهان واقع شده و 37000 هكتار مساحت دارد و منطقه اي كوهستاني با اقلميي سرد و خشك است. اين منطقه در زمان قاجار شكارگاه شاهزادگان و ظل السلطان بود و آثاري نيز از آن دوره در اين منطقه باقي مانده است. اين ناحيه شامل دو قسمت است: يكي پناهگاه حيات وحش و ديگري منطقه ممنوع التعليف. حيوانات آن شامل قوچ و ميش ارمني، كل، بز و آهو در ارتفاعات است. از پرندگان اين ناحيه مي توان به كبك، تيهو، بلدرچين، هوبره، كركس، لاش خور و ... اشاره كرد.

منطقه موته كه بين شهرستان هاي كاشان، لنجان، محلات، گلپايگان، خوانسار و ميمه قرار دارد و مساحت آن 220000 هكتار است. حفاظت اين منطقه عمدتاً به منظور حمايت از آهو است و گاهي اوقات گله آهوان در جاده هاي اصلي نيز مشاهده مي شوند.
منطقه كلاه قاضي كه در جنوب اصفهان و تقريباً در 26 كيلومتري شهر واقع شده است. پستانداران اين پناهگاه عبارتند از: كل يا بز كوهي، قوچ و ميش، آهو يا غزال ايراني، پلنگ، خرگوش وحشي، گرگ، كفتار، شغال، گربه شني، روباه و غيره. عمده ترين پرندگان آن نيز شامل: كبك، تيهو، گنجشك معمولي، خانواده كبوترها، جغد كوچك، خانواده عقاب ها، بالابان، شاهين، كلاغ سياه، خانواده هدهد و خزندگان منطقه مشتمل بر: افعي شاخ دار ايراني و مار جعفري است.